O Cmdo Fron RO/6º BIS, conforme IP 72-20, possui as seguintes missões:

- na Ofensiva, destruir o inimigo localizado em sua área de atuação e/ou conquistar objetivos específicos no terreno;

- na Defensiva, manter acidentes capitais, especialmente os que permitem bloquear e/ou controlar vias de circulação fluviais e  terrestres;

- no contexto da Segurança Integrada, pacificar ou participar da pacificação de uma área;

- como Comando de Fronteira que é, vigiar a faixa fronteiriça sob sua responsabilidade; e

- no Combate de Resistência, operar em uma área de combate, empregando, alternadamente, suas Companhias de Fuzileiros de Selva.